产品介绍

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术，能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DN**段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。

推荐平台

Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton

生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估 

2. ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对

3. Peak Calling（统计每个样品的Peak片段信息）

4. Peak Annotation（根据已有的基因组数据库注释信息获得所有Peak位点信息）

5. Motif预测、基因集分析

6. 全基因组范围的峰值分布

7. 样品间差异Peak分析

8. 基因组水平和感兴趣区域的数据可视化

技术路线

样本要求

只接收ChIP后DNA样本，只需进行建库，要求：DNA总量20ng，浓度0.5ng/ul以上。

分析内容及结果

Peak Calling

Peak 的长度与蛋白质结合区域大小紧密相关，是非常重要的信息。Peak 在外显子、内含子、5’ UTR、3’ UTR、基因间区等区域上的分布情况如下：

                                                        Peak在功能元件上的分布

Peak相关基因GO注释

将 GO 注释结果对应到 GOTerm 上，并统计第二级分类上注释到目标基因的数目

GO注释图

差异Peak相关基因KEGG富集分析

统计各个KEGG Pathway 不同层级上包含的差异表达基因数目，进而确定差异表达基因主要参与的代谢途径和信号通路。

KEGG富集分析

Motif分析

Motif是一些有特征的短序列，在基因组上常常反复出现，经常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点（如转录因子），或者是涉及到一些重要的生物过程（如转录起始，转录终止， RNA 剪切等等）。

                                                                                     motif示意图